Latest News
Slides from Steroid Biochemistry 2008 course (undergraduate studies of Medicine and Dental Medicine, Faculty of Medicine University of Ljubljana): first, second and third lecture.

Slides from Functional Genomics course: first, second and third lecture.

Slides from DNA-protein interactions – experimental approaches (graduate course of Genetics and Biotechnology, Biotechnical Faculty, University of Ljubljana): DPI-1a-2008-BF.pdf, DPI-2-2008-BF.pdf, DPI-3-2008-BF.pdf.

2009-04-15
Uravnavanje izražanja genov - molekularni mehanizmi in eksperimentalni pristopi

Uravnavanje izražanja genov - molekularni mehanizmi in eksperimentalni pristopi (0603)

Podiplomski študij Genetika, BF.

Nosilec:

Prof. Dr. Damjana Rozman

Obseg:

15 ur, 5 kreditnih točk

Izobraževalni cilji:

Cilj predmeta je seznaniti študente z molekularnimi mehanizmi, vključenimi v uravnavanje izražanja genov na nivoju prepisovanja DNA (transkripcije) in post-transkripcijskih modifikacij pri evkariontih. Poleg teoretičnih osnov bodo študenti seznanjeni tudi z eksperimentalnimi pristopi in laboratorijsko prakso pri študiju teh procesov. Vsa študijska literatura je na razpolago pri nosilki predmeta.

Seminarske nalog bodo izbrane iz tekoče znanstvene literature in bodo dale vpogled v novejša odkritja na področju mehanizmov tkivno-specifičnega in razvojnega uravnavanja izražanja genov. Tema seminarske naloge bo prilagojena potrebam študentovega raziskovalnega projekta.

Vsebina:

Uravnavanje izražanja genov na nivoju transkripcije: strukturne značilnosti različnih družin transkripcijskih faktorjev in njihova vezavna mesta na DNA. Koaktivatorji, korepresorji in modulacija strukture kromatina. Uravnavanje izražanja preko izbire poliadenilacijskega mesta in stabilizacije mRNA. Postranslacijske modifikacije in stabilizacija strukture proteina. Metode za določanje promotorskih zaporedij, ki vežejo transkripcijske faktorje (metoda premika na gelu- DNA in RNA gel shift; odtis z DNAzo I- footprint, metilacija DNA, Southern, western in south-western analiza, vezava transkripcijskih faktorjev na DNA z UV obsevanjem-UV crosslinking, metode za čiščenje transkripcijskih faktorjev, etc.,). Metodologija določanja funkcionalnega promotorja (prehodna transfekcija sesalskih celic z reporterskimi konstrukti, analiza izražanja reporterskih genov, usmerjena mutageneza funkcionalnih motivov DNA). Pomen izbire promotorske regije vektorja in izdelava konstruktov za izražanje heterolognih proteinov v različnih sistemih.

Študijski materiali:

Prosojnice iz predavanj:

Študijska literatura:

  1. A.G. Papavassilliou: Transcription factors in Eukaryotes, Springer 1997 (izbrana poglavja).
  2. Gretchen E.-G., Veraldi, K.L., Milcarek, C.: Alternative poly(A) site selection in complex transcription units - means to an end? Nucleic Acids Research, 25, 2547-2561 (1997).
  3. J.L. Jameson: Transcriptional control of gene expression. V knjigi: Introduction to Molecular and Cellular Research, The Endocrine Society, 1999.
  4. C.K. Glass: Analysis of protein-DNA & protein-protein interactions. V knjigi: Introduction to Molecular and Cellular Research, The Endocrine Society, 1999.
  5. P.D. Gregory, S. Barbarič, W. Hörz: Analysing chromatine structure and transcription factor binding in yeast. Methods: A companion to Methods in enyzmology 15, 295-302 (1998).

Obveznosti študenta:

Seminarska naloga in izpit.

Področje habilitacije:

Damjana Rozman (biokemija in molekularna biologija)

Reference nosilca:

  1. D. Rozman, M. Fink, G.- M. Fimia, P. Sassone-Corsi and M. R. Waterman. Lanosterol 14- demethylase (CYP51): a housekeeping cholesterogenic gene regulated by sterol/SREBP in somatic cells and by cAMP/ CREM in spermatids (1999) Mol. Endo. 13, 1951-1962 (naslovni članek).
  2. M. Strömstedt, M.R. Waterman, T.B. Haugen, K. Tasken, M. Parvinen and D. Rozman, (1998) Elevated expression of lanosterol 14 -demethylase (CYP51) and the synthesis of oocyte meiosis-activating sterols in postmeiotic germ cells of male rats. Endocrinology 139, 2314-232.
  3. D. Rozman and M.R. Waterman. Lanosterol 14 -demethylase (CYP51) and spermatogenesis (1998) Drug Metab & Dispos. 126, 1199-1201.
2006 - University of Ljubljana, Faculty of Medicine, Center for Functional Genomics and Bio-chips.