Latest News
Slides from Steroid Biochemistry 2008 course (undergraduate studies of Medicine and Dental Medicine, Faculty of Medicine University of Ljubljana): first, second and third lecture.

Slides from Functional Genomics course: first, second and third lecture.

Slides from DNA-protein interactions – experimental approaches (graduate course of Genetics and Biotechnology, Biotechnical Faculty, University of Ljubljana): DPI-1a-2008-BF.pdf, DPI-2-2008-BF.pdf, DPI-3-2008-BF.pdf.

2009-04-15
Uravnavanje izražanja genov preko interakcij DNA-proteini

Uravnavanje izražanja genov preko interakcij DNA-proteini (1-2-114)

Podiplomski študij Biomedicina, smer Biokemija in molekularna biologija.

Nosilec:

Prof. Dr. Damjana Rozman

Obseg:

15 kreditnih točk

Izobraževalni cilji:

Splošni in tkivno-specifični proteini (transkripcijski faktorji) z vezavo na nukleotidna (DNA) zaporedja v promotorskih regijah odločilno vplivajo na nivo izražanja genov. V okviru predmeta se študentje seznanijo z osnovnimi družinami transkripcijskih faktorjev (CREB, CREM, AP1, Sp, STAT, C/EBP, steroidni receptorji, NF- B/Rel, NF-1, POU, SREBP, Ets, Myb, transkripcijski faktorji v onkogenezi, idr.) s poudarkom na strukturnih značilnostih in fiziološki vlogi. Seznanijo se tudi z nukleotidnimi zaporedji, ki jih posamezne družine transkripcijskih faktorjev prepoznajo in se nanje vežejo. Predstavljeni bodo eksperimentalni pristopi, ki preko študija interakcij DNA-proteini omogočajo razumevanje uravnavanja izražanja genov na molekularnem nivoju. Teme seminarskih nalog bodo izbrane iz tekoče znanstvene literature in bodo dale vpogled v novejša odkritja na področju mehanizmov tkivno-specifičnega in razvojnega uravnavanja izražanja genov.

Vsebina:

  1. Struktura kromatina kot mehanizem uravnavanja izražanja genov
  2. Družine transkripcijskih faktorjev, strukturne značilnosti in fiziološka vloga
  3. Ohranjeni motivi DNA, ki vežejo posamezne skupine transkripcijskih faktorjev
  4. Povezava transkripcije s prenosom signala
  5. Povezava s splošnim transkripcijskim aparatom (interakcije protein-protein)
  6. Metodologija analize interakcij DNA-proteini (premik na gelu- gel shift; odtis z DNAzo I- footprint, vpliv metilacije DNA, South-Westernova analiza, vezava transkripcijskih faktorjev na DNA z UV obsevanjem-UV crosslinking, metode za čiščenje transkripcijskih faktorjev)
  7. Metodologija določanja funkcionalnega promotorja (prehodna transfekcija sesalskih celic z reporterskimi konstrukti, analiza izražanja reporterskih genov, usmerjena mutageneza funkcionalnih motivov DNA)

Študijski materiali:

Prosojnice iz predavanj:

Študijska literatura:

  1. A.G. Papavassilliou: Transcription factors in Eukaryotes, Springer 1997
  2. C.K.Glass: Analysis of protein-DNA & protein-protein interactions. V knjigi: Introduction to Molecular and Cellular Research, The Endocrine Society, 1999.
  3. P.D. Gregory, S. Barbarič, W. Hörz: Analysing chromatine structure and transcription factor binding in yeast. Methods: A companion to Methods in enyzmology 15, 295-302 (1998).
  4. Tekoča periodika

Obveznosti študenta:

Seminarska naloga in ustni izpit.

Reference nosilca:

  1. D. Rozman, M. Fink, G.- M. Fimia, P. Sassone-Corsi and M. R. Waterman. Lanosterol 14- demethylase (CYP51): a housekeeping cholesterogenic gene regulated by sterol/SREBP in somatic cells and by cAMP/ CREM in spermatids (1999) Mol. Endo. 13, 1951-1962 (naslovni članek).
  2. M. Strömstedt, M.R. Waterman, T.B. Haugen, K. Tasken, M. Parvinen and D. Rozman, (1998) Elevated expression of lanosterol 14 -demethylase (CYP51) and the synthesis of oocyte meiosis-activating sterols in postmeiotic germ cells of male rats. Endocrinology 139, 2314-232.
  3. D. Rozman and M.R. Waterman. Lanosterol 14 -demethylase (CYP51) and spermatogenesis (1998) Drug Metab & Dispos. 126, 1199-1201
2006 - University of Ljubljana, Faculty of Medicine, Center for Functional Genomics and Bio-chips.